El Departamento de San Marcos se encuentra dividido en 29 municipios que son:
Municipio | Código Postal |
| San Marcos | 12001 |
| Ayutla | 12017 |
| Catarina | 12016 |
| Comitancillo | 12004 |
| Concepción Tutuapa | 12006 |
| El Quetzal | 12020 |
| El Rodeo | 12014 |
| El Tumbador | 12013 |
| Ixchiguán | 12023 |
| La Reforma | 12021 |
| Malacatán | 12015 |
| Nuevo Progreso | 12012 |
| Ocós | 12018 |
| Pajapita | 12022 |
| Esquipulas Palo Gordo | 12027 |
| San Antonio Sacatepéquez | 12003 |
| San Cristóbal Cucho | 12025 |
| San José Ojetenam | 12024 |
| San Lorenzo | 12029 |
| San Miguel Ixtahuacán | 12005 |
| San Pablo | 12019 |
| San Pedro Sacatepéquez | 12002 |
| San Rafael Pie de la Cuesta | 12011 |
| Sibinal | 12008 |
| Sipacapa | 12026 |
| Tacaná | 12007 |
| Tejutla | 12010 |
| Tajumulco | 12009 |
| Rio Blanco | 12028 |